Происходит это слово от глагола "скрепеть", который означает "издавать скрипящий звук" при трении. Например, когда дверь скрипит, она издает такой звук, как бы трется о петли. Но в переносном смысле "скрепя" обозначает действие, которое делается с трудом, как если бы при этом издавался звук скрипа.
Пример использования: "Скрепя сердце, он согласился помочь другу, хотя сам был очень занят."
Здесь "скрепя" подчеркивает, что помощь была оказана не с радостью, а с некоторым внутренним напряжением.